A principios de 2006, la Federación Española de Baloncesto designó a Pepu Hernández como seleccionador del equipo español. La preparación para el Mundial fue un éxito plagado de victorias. Así, España llegó al Mundial con la moral muy alta y como una de las candidatas a llegar lejos en el Mundial. Tras un gran partido de semifinales ante Argentina, el combinado español se presentó en la final contra Grecia.
El carisma y la humildad caracterizan a este madrileño que ha conseguido el oro para el equipo español de baloncesto y el Premio Príncipe de Asturias, que él mismo ha calificado como uno de los mayores galardones que se pueden recibir. Un hombre por el que sus jugadores aseguran que darían cualquier cosa por él y que demostró su profesionalidad al no comunicar la noticia de la muerte de su padre el día anterior al partido de la final de Japón para no preocupar y descentrar a los jugadores.
En la celebración del título que se realizó en la Plaza de Castilla de Madrid, Pepu Hernández dijo: “Os voy a decir una palabra. Y escuchadla bien, porque va a ser una palabra muy importante: ba-lon-ces-to.”
En enero de 2006 Estudiantes le otorga la “insignia de oro y brillantes” del Club. Puede decirse que su filosofía del baloncesto se basa en el énfasis en la actividad (con y sin balón, de los 5 jugadores en cancha), la actitud, la defensa, correr el contraataque y no tener roles rígidos. Se caracteriza también por trabajar mucho en extraer de cada jugador sus mejores características para el mejor funcionamiento del equipo, adaptando el juego del equipo a los jugadores, mas que los jugadores a su concepción del juego.
Pepu Hernández es un excelente comunicador y sus conferencias son una brillante lección de humildad y espíritu de equipo. Habla en ellas de la importancia de hacer equipo, del respeto, la confianza y la generosidad.