En las elecciones generales del 11 de diciembre de 1993, segundas de la era democrática, Eduardo Frei se apuntó la victoria con la cifra sin precedentes del 57,9% de los votos frente al 24,3% obtenido por Arturo Alessandri, del Pacto Unión por Chile, que agrupaba a los tres partidos de la derecha promilitar.
Heredero de una coyuntura económica envidiable con crecimiento elevado, balanza comercial excedentaria, déficit fiscal virtualmente eliminado, vigorosa formación de capital y moderadas tasas de desempleo e inflación, que Eduardo Frei aún consolidó y mejoró. Eduardo Frei sacó adelante una batería de medidas de corte modernizador y con la vocación de integrar a todos los chilenos en la bonanza general, con acento en la dotación de calidad al sistema educativo, de eficiencia a la administración del Estado y de una mayor autogestión a las administraciones regionales.
De cara al exterior, protagonizó una llamativa actividad en el terreno de la integración económica, facilitando la consideración de Chile como un país de moda, con buena reputación entre los principales gobiernos y las instituciones financieras internacionales.
Cuatro fueron las estructuras a las que el país se acercó durante la presidencia de Eduardo Frei: la Cooperación Económica de Asia-Pacífico (APEC), en la que Chile ingresó el 15 de noviembre de 1994 durante la II Cumbre de Jefes de Estado y de Gobierno, en Bogor, Indonesia, que contó con la asistencia de Frei; el Tratado de Libre Comercio de Estados Unidos, Canadá y México (TLCAN), que tendió un acuerdo de principio para la adhesión (luego postergada) de Chile el 11 de diciembre de 1994, meta en la que de alguna manera se avanzó gracias a los tratados de libre comercio bilaterales suscritos con Canadá (5 de diciembre de 1996) y México (1 de octubre de 1998); los países de Centroamérica, con los que se adoptó otro Tratado de Libre Comercio el 18 de octubre de 1999; y, finalmente, el Mercado Común del Sur (MERCOSUR), la más avanzada empresa de integración regional del continente.
Asimismo, Eduardo Frei fue el anfitrión de la VI Cumbre Iberoamericana y de la II Cumbre de Las Américas (donde además Chile subscribió con el Mercado Común Centroamericano un comunicado para acelerar el inicio de negociaciones sobre un tratado de libre comercio), que se celebraron en Santiago el 10 y 11 de noviembre de 1996 y el 18 y 19 de abril de 1998, respectivamente. En la I Cumbre América Latina-Caribe-Unión Europea, celebrada en Río de Janeiro del 26 al 29 de junio de 1999, Frei acordó integrar a Chile en el área de libre comercio Unión Europea-MERCOSUR prevista para 2003, decisión de gran alcance si se tiene en cuenta que sólo el mercado de la UE absorbe la cuarta parte de las exportaciones chilenas.
El 11 de marzo de 2000 Frei entregó la Presidencia al socialista Ricardo Lagos Escobar, candidato de la CPPD vencedor en las elecciones del 12 de diciembre.
El ex mandatario chileno es doctor honoris causa por las siguientes universidades: Boston (1994), Santo Tomás de Aquino de Manila (1995), Kuala Lumpur (1995), Buenos Aires (1996), Central de Santiago de Chile (1997), Georgetown de Washington (1997), la Sorbona de París (1997), Calgary (1997), Panamá (1998) y Cracovia (1999.
Eduardo Frei es una de las personalidades más sobresalientes de los últimos tiempos y su gestión ha resultado un modelo de integración económico-político y social para la región.